遠洋區主要分為透光區及深海區。

透光區

遠洋區的上層有充足的陽光射入，稱為透光區，平均深度在100公尺左右，少數較清澈的海水中透光區可延伸至約200公尺。此區的生物種類較近海區少，主要以浮游生物、各類魚類、烏賊及鯨魚……等等為主。

位於台灣西部海域，在東海、台灣海峽及南海範圍內的海底陸棚，是世界上最大的陸棚之一，水深最深約200公尺。這個陸棚透光區裡有許多河川注入的大量營養物質，而且在季風的季節接替變換和冷暖水團的交會，使得這個海域擁有高基礎的生產力。

而這股豐沛的資源也就成為漁業的基礎，每到冬季西部陸棚海域就會有烏魚造訪，成為西部漁民重要的經濟來源。

深海區

指離岸較遠、水深超過兩百公尺以上的大陸棚到深海區。此區除了海底較奇特的生態系之外，生物種類較少，主要以浮游性藻類及游泳能力較好的魚類為主。

台灣的東部海域是典型的深海生態系，這個海域的水溫高、水質清澈且光線充足，基礎生產力主要受到營養鹽供應的限制。水深可達約7,000公尺。

台灣東岸終年有黑潮主流經過，帶來溫暖的海水。

黑潮(Kuroshio)，又稱日本暖流，是太平洋環流的一環，為全球第二大洋流。

黑潮得名於其顏色較一般海水顏色深，而這是因為黑潮表層幾乎沒有營養鹽或懸浮微粒，因此光線不易散射而被海水吸收，則海水呈深藍色。

黑潮小檔案:

位置:

速度:每秒1~2公尺

厚度:約500~1,000公尺

寬度:約200公里

夏季均溫:約攝氏22~30度

冬季均溫:約攝氏18~24度

年均溫:約攝氏24~26度

黑潮海水照片:

如果黑潮是一條高速公路，那麼台灣東岸沿海就是休息站。台灣東岸沿海如果一直保持乾淨、美麗，海洋生物(如迴游性的魚類、以迴游性魚類為食的鯨豚……)就會不斷的到休息站來休息、覓食。使得這個區域的海洋生物無論在種類或數量都相當繁多。

深海區生物

飛魚 

飛魚是一種具有滑翔能力的魚類。分布於熱帶和溫帶海洋，以浮游生物為食。受驚時會躍出水面，胸臍張開並可以在空中滑行一段時間，這種飛行通常是為了躲避金槍魚和海豚等的捕食。

每年春季飛魚會隨著黑潮海水來到蘭嶼的附近，此時達悟族人會舉行招魚祭，招魚祭過後便開始捕捉飛魚。剛開始僅限於夜間以燈光誘捕，至夏季時才可在白天捕捉飛魚，這段時間內達悟人不捕捉別的魚類。在夏季時會舉行另一次的儀式，停止捕捉當年的飛魚，改捉別的魚種。捕捉飛魚已經是達悟族傳統文化重要的一部份。

日本鰻

每年冬季成千上萬的鰻線順著寒流湧向河口地區， 沿岸漁民下網捕撈後賣給鰻魚養殖戶即可帶來一筆可觀的財富。

鰻魚是台灣重要的養殖魚類。柳葉鰻每粘順著黑潮北上，在接近台灣北部大陸棚的時候變態成玻璃鰻並向河口集中。在河口集中後身上出現大量的黑色素，稱為鰻線。隨後幼鰻便開始溯溪而上，直至成長至繁殖期時才開始回到深海中產卵繁殖。

綠蠵龜

綠蠵龜除上岸產卵外，終其一生都在大洋中渡過。廣泛分佈於熱帶及亞熱帶海域，以海草以及大型藻類為主食，覓食海域多為海草豐盛的淺水區，而此區多與珊瑚礁或岩石在一起，因此，珊瑚礁或沿岸區多可見到牠的蹤跡。

由於綠蠵龜對其棲息地，不論是海上或是陸上之忠誠度都極高，往往一經確認後，不論迴游多遠的距離，都會回到牠的產卵或覓食場。另外，當海龜的棲息地遭到破壞或開發作其他的用途時，牠也會放棄這塊棲息地，重新找尋新的居所。

鬼頭刀

鬼頭刀的正式名字是鱰(ㄕㄨˇ)魚，體型長且側扁，胸鰭短小且呈鐮刀狀。雄魚體型通常大於雌魚，雄魚額骨昂起、雌魚則成弧形，存活時體色有彩色光澤，體長可達一公尺左右。

鬼頭刀屬遠洋魚類，分布於全球溫暖水域。以飛魚或其他表層魚類為食，因食性特殊，故喜棲息於海上的漂流木下方，亦受暖流之影響而改變迴游路徑。