河流的出海口稱為「河口」，是重要的生態區。由於河口地區有豐富的養分，許多海洋生物會前來產卵及覓食，幼兒也會在河口地區成長，等長大之後才返回大海生活。因此河口是海洋環境中的生命搖籃，不斷的孕育著豐富的海洋生命。

河口生態系三大特色

生產量大

河川沖刷與風化岩石所得的磷鹽，以及來自上游的工業與家庭廢水帶來大量的營養鹽，源源不絕的補充至河口生態區，在加上旺盛的陽光，造成生產力非常旺盛的河口生態區。耐鹽草澤植物、藻類及浮游植物是河口最主要的生產者，平均初級生產量占地球上約19個生態系中的第四名。

食物鏈短

生物以吃及被吃的角色在生態系中生存，所構成的單向循食性環稱為食物鏈。食物鏈的結構決定於該生態系中能量流動的路徑以及物質循環的形式，能量在食物鏈中傳遞時，由於熱能的散失，可利用的能量是逐漸減少的(每一級的能量傳遞約只剩下原來能量10%的單向流轉，另外90%以熱能的形式散失)。換言之、將食物鏈縮短，有助於把能量流在該生態系中。

河口生態系食物鏈圖

河口生態系中，物種依其實性及獲得營養的方式可分為初級生產者、食草動物、食碎屑動物及食肉動物。初級生產者除了浮游植物外還有各類大型植物，是該環境種食草動物(初級生產者)的食物來源。多數的溫帶、亞熱帶及熱帶地區河口是以碎屑為其食物鏈的基礎，碎屑來源主要為大型植物的部分(水筆仔的落葉)或全株(秋季枯黃的雲林莞草)，而食碎屑的動物亦可區分為食沉澱底質者及食懸浮微粒者。這些食碎屑動物最後會成為捕食者(如魚類、鳥類)的食物來源。

由於河口地區潮汐變化大、潮差十分明顯，少有大型魚類能居住於此。水中缺少大型次級以上消費者，便是河口地區的特點之一。而該地區通常是遷徙性的候鳥中途進食的地方，因此候鳥變成為該地區主要的次級消費者。

候鳥是河口地區的主要次級消費者

物種歧異度低但個體數量多

由於外在的物理環境變化劇烈，能在此區繁殖後代的物種也相對減少，也就是說河口地區的物種歧異度相較於淡水地區及潮間帶是較低的。另一個特色是在河口地區的單位面積內個體數非常多。由於營養鹽源源不絕的注入自河川注入近海，因此在這些河海交界的特殊物種便因為缺乏天敵而大量繁殖，代表的生物量大的特性。